Cancer associated fibroblast 의 cell identity를 결정하는 핵심 master transcription factor의 발견

• Cancer associated fibroblast (CAF)는 Cancer cell 주변에 있으면서 cancer cell의 진행과 전이를 촉진하는 fibroblast를 가르킴. 그런데 실제 CAF는 한 가지 세포가 아니라 기원세포도 다르고 매우 다양한 subgroup을 가진 것으로 판단되고 있음.  이것은 CAF 연구에 큰 장애로 등장하고 있으며 CAF의 정확한 subgroup을 밝히려는 노력이 진행되었으나 현재까지 별 다른 성과가 없음.
• 또한 CAF가 항암제 및 면역항암제에 대한 내성 유발에 극히 중요한 역할을 한다는 것이 밝혀져 CAF 억제 약제가 새로운 항암치료제로 떠오르고 있음. 그러나 CAF 억제 신약의 개발은 여전히 초기단계에 있으며 큰 이유 중의 하나는 핵심 CAF 조절인자를 찾지 못 했기 때문임.
• 이러한 문제를 해결하는 한 가지 핵심 전략으로 CAF의 근본적인 cell identity를 결정하는 핵심 master transcription factor를 규명하고자 함. Master transcription factor는 cell의 근본 성격을 결정하는 가장 핵심 전사 인자로서 대표적인 예로는 embryonic stem cell의 성격을 결정하고 유지하는 nanog / Sox2 / Oct4를 들 수 있음. CAF도 각 subpopulation별로 고유의 master transcription factor를 가지고 있을 것으로 예상되며 이를 규명하고자 함. 

Embryonic stem cell의 운명을 결정하는 핵심 master transcription factor 네트워크

Fibroblast 또는 CAF (cancer associated fibroblast)의 활성화를 결정하는 핵심 네트워크. 본 연구실에서 Prrx1이 master transcription factor이며 이 network의 hub일 가능성을 확인함

• 이 project의 세부내용은 다음과 같음.
• [1] 말기 대장암 환자로부터 다수의 CAF line을 ex vivo culture를 통해 배양함
• [2] H3K27Ach에 대한 Chromatin immunoprecipitation (ChIP)을 시행함. 이 ChIP결과를 ChIP-PCR을 통해 잘 되었는 지 확인한 다음 whole genome sequencing을 시행함.
• [3] 이렇게 ChIP-SEQ을 시행한 다음 그 결과를 복잡한 BI tool을 이용해 분석함. 

ChIP-SEQ 및 이를 통한 super-enhancer발견과정. 

ChIP-SEQ fastq data로부터 super-enhancer와 master-transcription factor를 발굴하는 데 사용되는 소프트웨어와 작동 파이프라인